La Loi sur l’Université du Québec prévoit l’existence de quatre instances dont les pouvoirs et la composition diffèrent selon le rôle qui leur est respectivement attribué : l’Assemblée des gouverneurs, le Comité exécutif, le Conseil des études et la Commission de planification.
Avec le temps, d’autres commissions ont également été créées pour favoriser la concertation entre les établissements, soit la Commission des secrétaires généraux, la Commission de l’administration et des ressources humaines ainsi que la Commission de l’enseignement et de la recherche.